Nella Barfüsserkirche, dal 1894 l'HMB espone temi selezionati sulla storia di Basilea dalla preistoria ai giorni nostri. Un'attenzione particolare è rivolta alle opere d'arte ecclesiastiche, alla Danza della Morte di Basilea, al Tesoro della Cattedrale di Basilea e alla mostra Salti nel tempo.

I Francescani si stabilirono a Basilea nel 1231. Nel 1250 il vescovo di Basilea concesse ai monaci di Barfüsser, come era noto l'ordine, un terreno edificabile sulle mura della città, dove nel 1256 furono costruiti un monastero e una chiesa. Dopo pochi anni fu eretto un nuovo edificio (1275-1309). La seconda chiesa di Barfüsser fu spostata a nord e, con i suoi 80 metri di lunghezza, era notevolmente più grande della prima, oltre a poggiare su un terrapieno di ghiaia alto 2 metri (motivo per cui oggi i resti della prima chiesa giacciono nei sotterranei).

Con la Riforma del 1529, il monastero divenne proprietà della città. Il cimitero del monastero divenne Barfüsserplatz, il monastero ospitò parti dell'ospedale, il centro di assistenza ai poveri e le scuole - il chiostro era circondato dal manicomio. La chiesa rimase un luogo di culto riformato fino al 1794, quando il coro, che era stato diviso da una parete di legno, fu trasformato in un granaio. Dal 1795 la chiesa servì come magazzino e dal 1799 al 1815 come deposito di sale: ben 300 tonnellate di sale si infilarono nel pavimento della chiesa. La demolizione del monastero iniziò nel 1843 e dal 1845 al 1865 il sito ospitò i magazzini comunali.

I progetti non realizzati per la chiesa erano: Demolizione, demolizione parziale, edificio scolastico, piscina coperta, biblioteca o archivio di Stato, sala del mercato o palestra. Nel frattempo, l'edificio è stato utilizzato come ufficio postale, mercato, banco dei pegni, portineria e magazzino. Per mancanza di progetti concreti e di responsabilità, l'edificio fu lasciato cadere in rovina. Nel 1888, la chiesa fu offerta alla Confederazione Svizzera come sede del previsto Museo Nazionale; quando l'appalto fu assegnato a Zurigo, la chiesa fu nuovamente abbandonata.

Basilea decise di allestire il Museo storico nella Barfüsserkirche e la fece ristrutturare tra il 1890 e il 1894. Nel 1964, i danni causati dal sale (depositi di sale 1799-1815) avevano raggiunto proporzioni minacciose e quindi seguì una ristrutturazione totale nel 1975-1981, in cui si fece di necessità virtù e si aggiunse un seminterrato alla chiesa. Il museo ottenne così uno spazio espositivo per la sua crescente collezione.


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