En la Barfüsserkirche, el HMB expone desde 1894 temas seleccionados sobre la historia de Basilea desde la prehistoria hasta nuestros días. Uno de los focos son las obras de arte eclesiásticas, la Danza de la Muerte de Basilea, el Tesoro de la Catedral de Basilea y la exposición Saltos en el tiempo.

Los franciscanos se establecieron en Basilea en 1231. El obispo de Basilea cedió a los monjes Barfüsser, como se conocía a la orden, un terreno edificable en la muralla de la ciudad en 1250, donde se construyeron un monasterio y una iglesia en 1256. A los pocos años se levantó un nuevo edificio (1275-1309). La segunda iglesia de Barfüsser se trasladó al norte y, con sus 80 metros de longitud, era bastante más grande que la primera. Además, se levantaba sobre un terraplén de grava de 2 metros de altura (por eso los restos de la primera iglesia se encuentran ahora en el sótano).

Con la Reforma de 1529, el monasterio pasó a ser propiedad de la ciudad. El cementerio del monasterio se convirtió en la Barfüsserplatz, el monasterio albergó parte del hospital, el centro de ayuda a los pobres y las escuelas; el asilo se situó alrededor del claustro. La iglesia siguió siendo un lugar de culto reformado hasta 1794, después de que el coro, que había sido dividido con un muro de madera, se convirtiera en un granero. A partir de 1795, la iglesia sirvió de almacén y de 1799 a 1815 de depósito de sal -unas 300 toneladas de sal se filtraron en el suelo de la iglesia-. La demolición del monasterio comenzó en 1843 y entre 1845 y 1865 se instalaron en el lugar los "grandes almacenes municipales".

Los planes no realizados para la iglesia eran: Demolición, demolición parcial, edificio escolar, piscina cubierta, biblioteca o archivos estatales, mercado o gimnasio. Entretanto, el edificio se utilizó como oficina de correos, mercado, casa de empeños, pórtico y almacén. Debido a la falta de planes concretos y de responsabilidad, se dejó que el edificio se deteriorara. En 1888, la iglesia fue ofrecida a la Confederación Suiza como sede del proyectado Museo Nacional; cuando el contrato se adjudicó a Zúrich, la iglesia quedó de nuevo abandonada.

Basilea decidió instalar el Museo Histórico en la Barfüsserkirche y la remodeló entre 1890 y 1894. En 1964, los daños causados por la sal (depósitos de sal 1799-1815) habían alcanzado proporciones amenazadoras, por lo que se procedió a una renovación total entre 1975 y 1981, en la que se hizo de la necesidad virtud y se añadió un sótano a la iglesia. El museo ganó así espacio de exposición para su creciente colección.


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