Franz Jägerstätter (August Diehl) lebt mit seiner Frau und seinen Kindern im österreichischen Ort Radegund, mitten in den Bergen.

Der Bauer Franz Jägerstätter und seine Frau Franziska („Fani“) betreiben ihren Hof hoch oben an den Hängen von St. Radegund, einer kleinen, idyllisch gelegenen Stadt im Westen Österreichs. Gemeinsam haben sie viele Kinder, die allesamt Mädchen sind. Bei ihrer Arbeit werden sie von einigen Helfern, die bei ihnen eine Bleibe gefunden haben, unterstützt.
Als Franz im Jahr 1940 gemeinsam mit Waldlan zum nahe gelegenen Militärstützpunkt gerufen wird, müssen sie sich einem Training unterziehen. Ziel dieser Übungen ist es, die jungen Männer auf den Kampf vorzubereiten, obwohl Franz, der wie ein klassischer Arier wirkt, es ablehnt, Hitler die Treue zu schwören oder die Kriegsanstrengungen in irgendeiner Weise zu unterstützen. Als Franz einberufen wird, sucht er Pfarrer Ferdinand Fürthauer auf, doch er erkennt schnell, dass sich die Kirche am Tod unschuldiger Menschen bereits mitschuldig gemacht hat. Fürthauer selbst hatte die Stelle erhalten, nachdem ein früherer Priester nach einer Predigt gegen die Nationalsozialisten entlassen worden war. Fürthauer warnt Franz, wenn er wegen seiner Weigerung, den Nazis zu dienen erschossen werden würde, nütze sein Opfer niemanden. Franz appelliert auch an den Bischof Joseph Fliessen, er wolle den Kriegsdienst bei der Wehrmacht aus Gewissensgründen verweigern, doch bleibt auch hier erfolglos.