L’Eglise Saint-Germain est l’une des plus anciennes de la ville, sa fondation datant du XIIIe siècle. Elle est édifiée à l’emplacement d’un sanctuaire dont les fragments d’un autel du Ve siècle ont été retrouvés.

Rénovée après l’incendie de 1334 qui ravagea la Vieille Ville, elle est reconstruite entièrement - clocher mis à part - au XVe siècle. En 1535, son curé, rallié aux thèses réformistes, invite Guillaume Farel à venir y prêcher.

Elle est à nouveau affectée au culte catholique en 1803, suite à l’invasion des armées françaises. Vers 1870, la condamnation des tendances libérales par le pape Pie IX provoque une scission chez les catholiques. L’Eglise Saint-Germain est attribuée à l’église catholique chrétienne de Suisse en 1873.