Spanien, 1792. Inés (Natalie Portman), die junge Muse des berühmten Hofmalers Francisco de Goya (Stellan Skarsgård), wird vor das Tribunal der Inquisition gezerrt und der Ketzerei beschuldigt. Dank Goyas Fürsprache wendet der finstere Mönch Lorenzo (Javier Bardem), Hauptstreiter der Inquisition, zwar die Todesstrafe ab, doch er gerät selber in Ungnade und muss fliehen. 16 Jahre später - Napoléons Streitkräfte sind inzwischen in Spanien einmarschiert - kommt Inés schliesslich aus dem Kerker frei. Auch Lorenzo kehrt zurück, jetzt allerdings als glühender Verfechter der Revolutions-Ideale und Hauptankläger der alten spanischen Ordnung. Es kommt zum verhängnisvollen Wiedersehen zwischen Goya, Lorenzo und Inés...