Das Museum ist in den Räumen des ehemaligen Dominikanerinnenklosters Klingental untergebracht. Es zeigt mittelalterliche Originalskulpturen des Basler Münsters. Hier kann man den phantastischen Wasserspeiern der Münstertürme oder den heiligen Drei Königen auf Augenhöhe gegenübertreten. An einem Modell der Stadt, wie sie im 17. Jh. ausgesehen hat, wird deutlich wie stark sich die Basler Altstadt verändert hat. Thematisiert wird auch das mittelalterliche Kloster. Das Museum realisiert zudem regelmässig Sonderausstellungen, die sich verschiedenen Aspekten der Kunst- und Kulturgeschichte Basels widmen. Regelmässig werden Führungen, Konzerte und Vorträge angeboten. Im Museumsshop können Literatur zum Mittelalter und Abgüsse von Münsterskulpturen erworben werden.