Das Museum zeigt archäologisches Fundgut aus dem Kanton Thurgau vom Neolithikum bis zur Neuzeit. Die Ausstellungsschwerpunkte umfassen Funde aus Feuchtbodensiedlungen des Neolithikums, der Bronzezeit und der römischen Epoche. Spitzenstücke sind der Goldbecher von Eschenz (um 2400 v. Chr.), die Panflöte, Holzkämme, Weinfässer, Bürsten und Statuen. Die Arbeitsmethoden und Techniken der Archäologie können im dritten Stock des Museums studiert werden. Im Gewölbekeller zeigt das Museum die «Anderswelten» zum Thema Tod & Kult.