In institutioneller Hinsicht zählt das MCBA etwa 11'000 Werke, und sein nationaler wie internationaler Ruf beruht auf fünf bedeutenden Sammlungen: den Fonds Abraham-Louis-Rodolphe Ducros (1748–1810), Charles Gleyre (1806–1874), Théophile-Alexandre Steinlen (1859–1923), Félix Vallotton (1865–1925) und Louis Soutter (1871–1942). Zeitlich gesehen, umfasst die Museumssammlung Werke vom 18. Jahrhundert bis zum Postimpressionismus, mit besonderem Fokus auf den Kubismus und die Waadtländer Abstraktion. Sie wird bestimmt durch Schenkungen von Privatpersonen, Dauerleihgaben von Institutionen und eine Ankaufspolitik, die darauf abzielt, die bestehenden Bestände zu ergänzen und zugleich das Waadtländer wie das internationale Kunstschaffen genau im Auge zu behalten.